१. सेनामा प्रवेश गरेका व्यक्तिहरुको अभिलेख राख्ने प्रक्रियामा सुधार ल्याउने क्रममा बि.सं.१८०० देखि १९०३ सम्म लगते सिष्टमको व्यवस्था भएको । बि.सं.१९०४/०८/१२ मा स्व. श्री ५ राजेन्द्र वीर बिक्रम शाहको पालामा मुलुकी किताबखाना र बि.सं.१९२५ मा किताबखाना भन्ने सरकारी अड्डाको स्थापना भएको । सोही समयबाट मात्र सरकारी कर्मचारीहरुको तलब खर्च लेख्ने परिपाटी बस्यो । यसरी अभिलेख प्रणालीमा क्रमिक विकास हुंदै जांदा बि.सं.१९३३ मा कमाण्डरी किताबखानाको स्थापना भयो भने १९७१ मा क.कि. दर्शन फाँट र क.कि दर्ता फाँटको स्थापना भयो । सेनामा कार्यरत सैनिक व्यक्तिहरुलाई दिने सुबिधाहरुमा थप गर्ने क्रममा बि.सं.१९९८/०१/०३ बाट निवृत्तभरणको व्यवस्था भयो । बि.सं.१९०४ देखि १९८७ सम्म लगते र पगरी सिष्टम, बि.सं.१९८८ देखि २०४१/०३/३२ सम्म एकपाने सिटरोलको व्यवस्था भएको । बि.सं.२०४१/०४/०१ गतेबाट नयां अभिलेख प्रणाली सुरु भएको । जुन हाल प्रचलनमा भएको व्यक्तिगत अभिलेख प्रणाली ब्रिटिस अभिलेख प्रणाली र नेपालको निजामती प्रशासनको अभिलेख प्रणालीसंग आधारित रहेको । सोहि दोहोरो प्रणालीमा आधारित व्यक्तिगत अभिलेख (सिटरोल) प्रणाली अनुरुप नेपाली सेनामा कार्यरत तथा अवकास प्रप्त सैनिक व्यक्तिहरुको व्यक्तिगत विवरण अद्यावधिक गर्ने कार्य भईरहेको । बि.सं. २०४३/०१/०१ मा शाही नेपाली सैनिक अभिलेखालय नामाकरण भयो । नेपाली सेनामा प्रचलित अभिलेख प्रणालीलाई समय सापेक्ष ढंगबाट संचालन गर्ने क्रममा बि.सं. २०४५/०८/०१ गतेबाट कम्प्यूटराईज सिष्टमको व्यवस्था भयो । जसबाट नेपाली सेनामा कार्यरत तथा अवकाश प्राप्त सम्पुर्ण सकलदर्जाको अभिलेखहरु कम्प्यूटर सिष्टम अनुसार अद्यावधिक गरिदैं आईरहेको ।

२. बि.सं.२००९/०४/२९ गते साविकको कमाण्डरी कितावखाना दर्ता फाँट र कमाण्डरी कितावखाना दर्शन फाँटलाई क्रमशः क.कि. निजामती फाँट र क.कि.जङ्गी फाँटमा छुट्याई क.कि. निजामती फाँट प्रधान मन्त्रालय, राज्य व्यवस्थाको मातहतमा रही नेपाल अधिराज्यको सम्पुर्ण निजामती कर्मचारीको अभिलेख राख्ने र क.कि. जङ्गी फाँट रक्षा मन्त्रालयको मातहतमा रही सैनिक तर्फको छुट्टै अभिलेख राख्ने व्यवस्था भयो । बि.सं.२०२७/०३/०२ गतेसम्म यस अभिलेखालयको कार्य संचालन निजामती कर्मचारीहरुबाट भएको थियो । बि.सं.२०२७/०३/०३ गतेबाट निजामतीको बदलामा प्रमुखमा उप-सचिव स्तरको हाकिम प्र.से. र अन्य कर्मचारीहरुमा सैनिक र निजामती समेत समावेश गरियो । बि.सं. २०६४/०४/२० गतेबाट महा सेनानीको दरवन्दी थप भएकोले सोही अनुसार कार्य संचालन भईरहेको ।